Михаил Эгонович Дмитриев родился 24 февраля 1961 года.
В 1983 году окончил Ленинградский финансово-экономический институт (сейчас - Санкт-Петербургский университет экономики и финансов) по специальности «Экономическая кибернетика». Доктор экономических наук.
В 1983-1990 годах работал научным сотрудником Ленинградского финансово-экономического института.
В 1991-1993 годах был народным депутатом, председателем подкомитета, заместителем председателя комитета Верховного Совета России по вопросам межреспубликанских отношений, региональной политики и сотрудничеству.
В 1994 году – членом комиссии по экономической реформе Правительства Российской Федерации.
В 1994-1995 годах занимал должность заместителя директора Института экономического анализа.
В 1996-1997 годах – руководитель экономической программы Московского центра Карнеги.
В 1997-1998 годах занимал пост первого заместителя министра труда и социального развития России.
В 1998-2000 годах входил в состав научного совета Московского центра Карнеги.
С 2000 года по май 2004 года являлся первым заместителем министра экономического развития и торговли Российской Федерации.
В июне 2004 года был назначен научным руководителем фонда «Центр стратегических разработок», а в октябре 2005 года возглавил его.